Het ASKV heeft een raad-van-toezicht-model: een dualistisch bestuursmodel met een directeur-bestuurder. De Raad van Toezicht houdt toezicht op de bedrijfsvoering.
De directeur-bestuurder vormt samen met twee managers het managementteam van het ASKV. Er zijn drie afdelingen; Organisatie, Hulpverlening en Projecten en Medische Opvang Ongedocumenteerden. Elke manager stuurt zijn eigen afdeling aan, waarbij coördinatoren operationeel leidinggeven aan de teams.
De Raad van Toezicht van ASKV/Steunpunt Vluchtelingen bestaat uit:
| RvT lid | Functie | Hoofdfunctie | Nevenfuncties | Benoeming |
| Judith Sargentini | Voorzitter Lid remuneratiecommissie | Zelfstandig adviseur, Sargentini Advies | Voorzitter van Dutch Initiative on Sustainable Cocoa Lid Raad van Toezicht van Milieudefensie | ‘december 2019 ‘december 2023 |
| Jos Rutten | Penningmeester Voorzitter auditcommissie | Interim financieel manager | ‘september 2021 | |
| Gianni da Costa | Algemeen lid Lid auditcommissie | Diaconaal Opbouwwerker (coördinator) | Vrijwilliger Loopbaanconsulent FNV Algemeen bestuurslid bij Schuldhulpmaatje Amsterdam Algemeen bestuurslid bij Stichting Czaar 51 Bestuurslid bij ChristenUnie Amsterdam Docent Financieel Educatie bij Stichting Diversiteitsland Carrière Coach bij JINC | ‘juni 2021 |
| Marq van Wijngaarden | Lid met juridisch profiel | Partner bij Prakken d’Oliveira, advocaat gespecialiseerd in asiel- en vreemdelingenrecht en strafrecht | Lid redactie van het tijdschrift Crimmigratie en Recht Lid Adviescommissie Asiel van Vluchtelingenwerk Nederland Docent Asiel- en Vreemdelingenrecht bij diverse instanties (SSR, OSR, Iurislegal, Edjulaw, Universiteit Leiden/PAO programma, Stichting Migratierecht Nederland) | ‘juni 2022 |
| Evert Bloemen | Lid met medisch profiel | Lid Professionele Raad van iMMO, het instituut voor Mensenrechten en Medisch Onderzoek Lid ZonMW programmacommissie ‘Zorg voor Vluchtelingen’ Docent bij OSR Juridische Opleidingen en Stichting Migratierecht Nederland (SMN) Bestuurslid VVE De Blauwe Grift Lid Diaconiecommissie van de Oekemenische Janskerkgemeente in Utrecht | ‘maart 2024 |